Câu chuyện trong My Hero Academia: World Heroes’ Mission bắt đầu từ một giáo phái phản diện, được biết đến với cái tên Humarise và tin rằng Quirks cuối cùng sẽ trở nên mạnh mẽ đến mức chúng sẽ dẫn đến sự diệt vong của nhân loại. Vì điều này, họ đã đặt những quả bom trên khắp thế giới chứa đầy khí “Trigger” giết chết những người sử dụng Quirk bằng cách khiến Quirks mất kiểm soát. Thủ lĩnh của họ là Flect Turn, người đã lên kế hoạch sử dụng những quả bom này để cứu nhân loại bằng cách giết người dân Quirk. Sau khi Humarise phát nổ quả bom đầu tiên, Hiệp hội My Hero Academia cử các học sinh của khóa học Anh hùng tới các mục tiêu của Humarise với hy vọng giải quyết những quả bom còn lại.
Izuku Midoriya, Katsuki Bakugo và Shoto Todoroki là một trong số những người được gửi đến đất nước Otheon, nơi được cho là trụ sở chính. Không ai trong số các Anh hùng tìm thấy bất kỳ dấu vết nào của Humarise và họ được đặt ở chế độ chờ. Trong một chuyến đi chơi, Midoriya, Bakugo và Todoroki gặp phải một vụ cướp ngọc đang được tiến hành. Todoroki và Bakugo truy đuổi kẻ phản diện trong khi Midoriya đuổi theo người chuyển phát nhanh của kẻ phản diện. Trong khi đó, Allan Kay, một nhà khoa học Humarise, chạy trốn với một tài liệu quan trọng nhưng bị tấn công bởi một đặc vụ của Humarise, Beros. Rody vô tình chộp lấy chiếc cặp của Kay. Họ nhanh chóng bị cảnh sát tấn công, nhưng Midoriya đã trốn thoát cùng Rody bằng cách sử dụng Blackwhip.