Được sản xuất cùng một thời điểm với phần 1 nên cả 2 phần của Pretty Guardian Sailor Moon Eternal có nội dung bám sát nhau. Chính vì thế mà 2 phần phim này cũng được phát sóng gần nhau, giúp khán giả hiểu rõ hơn về các nhân vật và sự kiện trong phần mới này. Mở đầu phim là phân cảnh Sailor Saturn nói chuyện với Hotaru, giúp cô ấy và khôi phục lại ký ức về kiếp trước. Hotaru sau đó đưa cho Haruka, Michiru và Setsunacác tinh thể tương ứng, cho phép chúng biến đổi thành Super Sailor Uranus, Sailor Neptune và Sailor Pluto. Sau đó, họ hỗ trợ Sailor Mercury, Mars, Jupiter và Venus bị mắc kẹt và bị ràng buộc từ dây leo của PallaPalla.
Sailor Chibi Moon, Sailor Moon và Tuxedo Mask đến để giúp đỡ, nhưng Sailor Moon và Tuxedo Mask bị Zirconia trọng thương. Helios dịch chuyển Usagi và Mamoru đến Elysion để cứu mạng họ bằng sức mạnh thanh tẩy mà nó còn lại. Trong Elysion, Helios giải thích cho Usagi và Mamoru rằng Vương quốc Vàng từng tồn tại ở Elysion với tư cách là hoàng tử. Usagi và Mamoru biến đổi một lần nữa, Zirconia tạo ra một làn sương mù nóng và ngột ngạt xung quanh họ và các Sailor Guardians khác. Helios sử dụng sức mạnh cuối cùng của mình để gửi các tinh thể thanh tẩy của Elysion đến Trái đất, ngăn chặn sương mù của Zirconia.