Câu chuyện trong Trấn Ma Tư: Linh Nguyên Bí Thuật tiếp tục khai thác cốt truyện như phần 1. Nội dung mở đầu từ 100 năm trước, khi mà Ngọc Tu tiên sư phong ấn quái thú tám châu, và mộc thần Tây Nam biến thành linh nguyên. Vào năm thứ 40 của triều đại nhà Triệu, Cố Niệm Đồng của Tà giáo, muốn phá vỡ phong ấn của tiên sư, tinh luyện mộc thần và biến nó thành mộc yêu, đầu độc chúng sinh. Vì vậy, tiên hoàng đã đặc biệt sắc lệnh cho Đường Lăng Phong và một số người khác của Ẩn giám Trấn ma tư, chỉ huy quân đội tiến về phía Tây Nam để bình định yêu tà.
Mười năm trước Công Thâu gia vì để có được “Lỗ Ban Toàn Thư” đã tàn sát cả nhà họ Đường, chỉ có Đường Lăng Phong 8 tuổi may mắn thoát chết được thống lĩnh Trấn ma tư Trương Khiệm đưa về Trấn ma tư nuôi dưỡng. Đường Lăng Phong kết giao với Lục Ấn và Lục Đồng, ba người thân thiết như huynh muội một nhà, đồng thời thông qua sát hạch nghiêm ngặt trở thành thành viên của Ẩn giám. Cùng với thân thế của Đường Lăng Phong dần dần được tiết lộ thì mối quan hệ của Lăng Phong và Lục Ấn, Lục Đồng cũng dần thay đổi. Ba người cũng dần dần bị rơi vào âm mưu của Công Thâu gia.